Chef-lieu du département de Bignona, une subdivision de la région de Ziguinchor, Bignona se trouve à 80 km de l'océan Atlantique. Ville-carrefour de 27 070 habitants (2007) sur la N4 et la N5, elle est reliée par la route à Dakar et à Ziguinchor.
Comme toute la région, la ville a une altitude assez faible (33 mètres environ).